W czasie II wojny światowej las w Ponarach był miejscem masowych nazistowskich mordów pod Wilnem. Niemcy, wspomagani przez ochotnicze litewskie oddziały Ypatingasis būrys (Sonderkomando der Sicherheitsdienst und des SD), wymordowały tu w latach 1941-1944 ok. 100 000 osób. Wśród nich od 56 000 do 70 000 stanowili Żydzi. Wśród pozostałych ofiar znajdowało się od kilkunastu tysięcy, do 20 000 Polaków (inteligencja wileńska i żołnierze Armii Krajowej), a także grupy Romów, komunistów oraz Rosjan. Świadkiem zbrodni był pisarz Józef Mackiewicz, który w 1945 opublikował tekst Ponary-Baza. Dziś na terenie lasu znajduje się pomnik.