Interno della basilica (Comune di Venezia)

Lo spazioso interno, centralizzato, è ampiamente illuminato dalle finestre termali delle sei cappelle laterali e dai finestroni del tamburo della cupola. La luce dà risalto alla pavimentazione in tessere di marmi policromi.
Il presbiterio e l'altare maggiore disegnato dal Longhena stesso dominano su tutto. Il gruppo scultoreo sull'altare rappresenta una Madonna con bimbo, a rappresentare la Salute che difende Venezia dalla peste. È opera di uno scultore fiammingo molto attivo a Venezia, il cui nome viene solitamente reso in Giusto Le Court o Jouste de Corte nato a Ypres nel 1627 e morto a Venezia nel 1679. L'altare custodisce un’icona bizantina, la Madonna della Salute o Mesopanditissa, che proviene dall'Isola di Creta e fu portata a Venezia da Francesco Morosini nel 1670 quando dovettero cedere l'isola ai Turchi.
Nelle cappelle laterali si trovano la tela Discesa dello Spirito Santo di Tiziano (1555) e l'altare dell'Assunta con la pala di Luca Giordano e la statua di San Girolamo Miani di Giovanni Maria Morlaiter.