Название деревни произошло от названия реки Кугу энеp, которая протекает около деревни. Кугу энер в переводе с марийского языка означает Большая река.
В 2002 году в деревне Кугенер Отарского сельсовета в 18 дворах проживали 20 мужчин и 21 женщина.
www.12rus.ru/List/30/2219/